N端测序在蛋白质组学研究中用于解析蛋白质或多肽链的N端氨基酸序列，广泛应用于蛋白质翻译后修饰、加工、降解及功能研究等多个领域。相比传统的Edman降解法，基于质谱（Mass Spectrometry, MS）的N端测序凭借高灵敏度、高通量以及适用于复杂样品的优势，正成为解析N端序列的工具。

本文将从样本制备、质谱分析和数据解析三个方面，系统介绍基于质谱的N端测序流程，并探讨其中的关键技术要点。

一、样本制备：高效富集N端肽段

样本制备是实现高效N端测序的关键第一步。为了提高质谱检测的灵敏度和特异性，必须通过一系列方法减少样本复杂度，并富集N端肽段。常规的样品处理流程通常包括蛋白质的变性、还原、烷基化，以消除二硫键干扰，改善酶切效果。

在蛋白酶解过程中，常用如胰蛋白酶（Trypsin）、GluC、AspN等特异性蛋白酶获得特定模式的肽段。然而，常规酶切往往产生大量非N端肽段，因此需要采取化学标记或固相捕获等方法，选择性富集真正的N端肽段。例如，利用甲醛、丙酮醛等化学试剂对蛋白N端进行标记，或通过固相载体特异性捕获N端肽段，均能有效去除背景干扰。此外，针对特殊样本，非特异性酶（如蛋白酶K）或有限酶解方法也常用于生成适合解析的N端肽段。

二、质谱分析：精准解析N端序列

质谱分析是解析N端序列的核心技术环节。通过液相色谱-质谱联用（LC-MS/MS），结合高分辨质谱平台（如Orbitrap、TOF-MS），可对复杂样本中的N端肽段进行精准分析。

碎裂方式的合理选择对于获得高质量的N端序列信息尤为重要。碰撞诱导解离（CID）作为经典碎裂方式，能产生丰富的b离子和y离子，支持序列推导；而高能碰撞解离（HCD）和电子转移解离（ETD）等新型方式，则在处理带有翻译后修饰（如磷酸化、糖基化等）的N端肽段时，提供更具优势的碎片信息。此外，为满足不同样本复杂度需求，数据依赖采集（DDA）和数据独立采集（DIA）两种数据获取模式也被广泛应用，以实现全面、系统的N端肽段覆盖。

三、数据分析：精准识别N端序列

数据分析是测序的关键环节。首先，原始质谱数据经过峰提取、质荷比校正等预处理后，需要进行肽段匹配。传统的数据库搜索方法（如SEQUEST、Mascot、MaxQuant）可以用于N端肽的鉴定，但往往需要结合开放搜索或盲搜索策略，以考虑可能的N端修饰。

近年来，基于谱图库的搜索方法（如SpectraST）在N端测序中也展现出优势，特别是在分析复杂蛋白质修饰时。此外，去卷积算法和机器学习方法的引入，使得从质谱数据中自动提取N端肽信息成为可能，大幅提高了分析效率。

基于质谱的N端测序技术在蛋白质鉴定、翻译后修饰分析及蛋白质加工研究等领域具有广泛应用。高效的样本制备策略、合适的质谱分析方法及先进的数据处理技术，共同推动了该领域的发展。百泰派克生物科技提供高质量的基于质谱的蛋白N端序列分析服务，欢迎联系我们！

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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